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俠之大者•紀念郝柏林先生 精選

已有 8371 次閱讀 2018-3-26 13:22 |系統分類:人物紀事

2016114日,我最后一次見到郝先生,這也是16年參加學術會議時第三次見到郝先生。這倒不是說以前就沒見過郝先生,事實上2004年在清華舉辦第二屆“國際生物信息學研討會”(International Bioinformatics Workshop)的時候就聽過郝先生的報告,那個報告講的不是CVTree,而是用五階隱馬爾科夫模型初步設計了一個水稻基因的預測工具。報告的內容我記不清楚了,但郝先生報告講完之后,許多人都站起來提問。提問內容并不完全是科學的,很夾雜著個人的情緒。這是因為在當時生物信息學是個新學科,還處于很初級的發展階段,國內外的行家都是屈指可數的。在郝先生報告之前,大家多多少少已經知道郝先生當年是搞理論物理的,轉入生信也不過是近幾年的事情。換句話來說,大家都是新手,憑什么您在上面作報告我們在底下當聽眾?其次,當時據說是郝先生為了轉生信,每天堅持背單詞,這事兒說出去能有人信嗎?這是不可能的對吧?當年轉生信的一幫年輕人,哪個不是眼高于頂自負平生的?20多歲的人都堅持不下來的事情,60多的老先生能做得到?所以大家普遍不服。第三是郝先生講的東西,隱馬爾可夫模型,大家事實上都聽得懂。這就有問題了:大牛們做報告難道不是應該講得讓大家聽不懂才能讓大家覺得有水平嗎?您講得東西大家聽得懂,那豈不是很沒有水平?所以聽眾們百般不爽,千般不服,問的問題自然也就不怎么懷好意了。那么郝先生是怎么回應的?凡是科學的問題,郝先生有理說理;凡是個人情緒的問題,郝先生不吭氣,任你批評指責。當年在會場的時候,感覺郝先生也實在太沒有掌控力了,怎么說也是院士,您要一拍桌子說你們問的不是科學問題吧?馬上就能讓大家閉嘴,問題是大家都已經開始人身攻擊了,您還照單全收這算幾個意思?這件事情當年無論如何沒有辦法理解,過了很多年之后才覺得敬佩。第一,對于一個新的研究方向,前途不明朗又充滿風險,無論資深科學家怎么忽悠,都不會比以身作則自己先投身這個領域更有說服力和號召力。第二,做科研究竟要做的讓同行聽得懂,還是讓同行聽不懂?當然嘍,如果做得東西同行們都聽不懂,那么這樣的生信工作是“0級”(Level 0),也就是“未入門級”(關于生信研究的分級請參加《如何成為頂級生物信息學家》)。第三,所謂的學術批評,既不一定客觀也不一定完全是科學問題,好聽的大家都愿意聽,可不好聽呢?要是換咱這幫年輕的,那是無論如何要硬懟回去,放低身段?不存在的。所以郝先生對待領域里的年輕人,都是很平等的當同行來看待,一位地位崇高的著名科學家,身段放的之低是難以想象的。

16414-15日,中國生物信息學及相關領域的研究者在北京香山飯店召開第557次香山科學會議,主題為“生物大數據和精準醫學時代的生物信息學核心理論問題與應用體系”。郝先生沒有參加。郝先生不參加有兩個原因,第一是怹夫人張淑譽老師身體不好,第二是院士80歲之后資深,郝先生覺得既然已經資深了,那領域的風風雨雨怹也就不必再過問了。郝先生夫婦感情極篤,公共場合兩位永遠是一起出席,看到兩位老人家我們這幫后輩自然是既尊敬又羨慕。因此郝先生的好朋友,臺灣中央大學系統生物所、臺灣中原大學物理系李宏謙(Hoong-Chien Lee)教授戲稱郝先生夫婦為“連體嬰”(參見《挑燈看劍集:賀郝柏林院士八十華誕》,科學出版社,2014)。李先生1941年出生,比郝先生小7歲,其父黃浦軍校四期畢業,孫立人將軍的摯友和副官,委員長的得意門生,委員長大公子的眼中釘和骨中刺。李先生在臺灣上的中學和大學,后來去加拿大留學。1972年郝先生去加拿大開會的時候結識李先生,從此成為至交。1997年郝先生赴臺訪學,和李先生討論之后,決定共同從理論物理轉入生物信息學領域,這就是中國生信史上最重要的事件之一“郝-李轉換”(Hao-Lee transfer)。馮德培之疑、彭桓武之問、徐京華之手和郝柏林之換,這是中國早期生信史中的四件大事,其他的事件以后再討論。郝-李轉換是中國生信早期發展史中唯一一個同時對兩岸有巨大影響的事件:郝先生直接參與推動了大陸的生物信息學發展,在咱生信家的氣宗和劍宗形成的過程中都發揮了極其重要的作用;李先生則迅速推動臺灣建立生物資訊學研究方向。兩位老先生共同發起的、兩年一屆的“海峽兩岸生物學啟發的理論問題研討會”,自1998年到今年已經要開第11屆了。講到李先生,這就有個很重要的問題:郝先生的名字怎么讀?這是一個很重要的問題,因為公開場合大家都是恭恭敬敬一句:郝先生。問題是給學生上課總不能也稱郝先生吧,這樣學生不知道是誰,所以講課得講人名兒。至少我朋友里,99.9%的人都是把“柏”字讀成“博”音的。11年去臺灣的時候,專門就此事請教過李先生。李先生說當然念“博”,這是因為郝先生的父親、中國林學大家郝景盛先生1934年赴德國留學,先后在柏林大學理學院和愛北瓦林業?拼髮W攻讀博士學位,郝先生在柏林出生,所以一詞雙關,即表示德國首都,又表示常青樹木。寫這篇文章之前專門查了資料,發現大家把郝先生的名字都念錯了。郝先生的“柏”要讀成“百”。郝先生1991年撰寫的《郝景盛》一文中,提到郝景盛先生1934年春告別已經懷孕的妻子獨自去的德國,郝先生作為長子在北京出生之后,1935年夏郝母趙為楣女士才帶著郝先生去的柏林。其次,在郝先生所撰寫的英文論文里,署名是“Bai-lin Hao”或“Bailin Hao”。所以這是本篇要講的第二個問題。

1678-10日,內蒙古科技大學在包頭組織召開了“科學大數據前沿國際研討會”,開這個會主要是給中國生信領域的另一位重量級學者羅遼復先生賀壽。羅先生1935年出生,比郝先生小一歲,兩位老先生早年都在理論物理學領域有突出的貢獻,羅先生當年主要從事粒子物理和高能天體物理,郝先生主要從事統計物理和非線性科學,兩位后期都轉入理論生命科學,也就是當代生信的前身,或者是孫之榮教授認為的“生物信息學萌芽階段”。兩位是多年的好友,所以郝先生夫婦自然就來參會了。羅先生自1958年扎根內蒙以來,培養的弟子門生無數, 15年眾弟子合議給羅先生祝壽,但被否了,說不要大張旗鼓。因此16年搞了這個會,雖說是祝壽,事實上也希望加強內蒙與國際、國內同行之間的交流。因為羅先生的研究領域跨物理和生物學兩個方向,這兩個方向的故友門生都不少,所以這個會有兩個分會場,生物信息和天文信息。當時我納悶,天文信息究竟做的啥?于是進會場聽了幾分鐘,結果發現一個字沒聽懂,只好低著頭出去聽生物信息的報告去了。進到會場正好是郝先生的報告,題目是“基于基因組數據的細菌親緣關系與分類”,屬于CVTree的延伸和應用。所以這里就得講到郝先生在生信領域里的科學貢獻。CVTree中的CV指的是“組分矢量”(Composition Vector),事實上就是拿長度為k的字符串(k-mer)作為核酸或蛋白質序列特征,來進行“無比對”(Alignment-free)的序列比對。所以這是新算法、新工具設計,屬于標準的Level 2工作,優點是運算速度快,缺點是稍微降低一些準確性。k-mer的思想不是郝先生提出的,但這套方法能應用于序列比對郝先生做了許多工作,尤其是用于細菌分類這屬于原創性工作。k-mer的方法用的很廣,不光是序列比對,翻譯后修飾位點預測里也有用這個算法的,所以是可以寫到生信課本里的。此外,郝先生同時代的老一輩中國生信學者,能做出Level 2工作的屈指可數,所以不知道郝先生在其他領域如何,至少在生信領域,差不多是“出道即巔峰”。

在包頭的這次開會是第一次能夠跟郝先生比較長時間的正式交流,這是因為第一,我那時候正在看中國早期生信發展的資料,史料不全且有很多疑問,之前請教了一圈老先生們之后都答曰:問郝先生,怹知道多;第二是之前一直比較怵,主要是之前參會聽郝先生講報告之后,問的問題也不那么客觀,怕挨批。后來發現不存在的,郝先生的要比想象中寬容的多了。所以開會期間,在酒店用餐的時候大家都是爭先恐后的跟郝先生夫婦坐一桌,為什么?聽郝先生講段子。別人講段子一般飯桌上講講,頂多飯后寫篇博文,郝先生講段子是出書的,并且還不止一本,例如《物理學和計算機》(科學出版社,2005年)、《相變和臨界現象》(科學出版社,2005年)、《混沌與分形:郝柏林科普與博客文集》(上?茖W技術出版社,2015年)和《負戟吟嘯錄》(八方文化創作室,2009年)。前兩本我一個字兒沒看懂,所以書買來一直放著沒動過,后兩本則認真讀過,其中個人最喜歡的一篇是《朗道百年》。郝先生講段子跟一般人不一樣,第一是記性極好,幾十年前發生過的事情,時間地點人物事件經過結果記得分毫不差;第二是郝先生擅長講水平極高的冷笑話,往往聽完要反應半天才搞明白,呃,您老又在說笑話。郝先生講過的段子很多,例如我們問怹當年在蘇聯留學鬧著轉專業結果被批斗的事情,郝先生說當年怹蘇聯本來是學礦山的,但怹喜歡物理要轉專業結果被批斗,后來要被遣返回國的時候,教育部來函同意轉專業。所以郝先生后來就高高興興去學物理了。當年轉物理的還有位郝先生后來的好友陳春先先生,一眾志同道合的好友們文革期間在固體理論和統計物理方面有突出的貢獻,有“陳春先學派”的美譽(參見《懷念陳春先》)。

16106-9日,咱生信家的氣宗在成都開第七屆“全國生物信息學與系統生物學學術大會”,每兩年一度的華山論劍,這次參會人員超過1000。后來咱生信家的劍宗好友問我,說劍宗氣宗這套體系是誰分的?我說,我。劍宗強調產業發展,氣宗強調基礎研究,誰對?一個硬幣有兩面,至少都沒錯吧。白天開大會,晚上一眾好友聚一起開小會,會議期間只匆匆見了郝先生一面,要了一本書《負戟吟嘯錄》。到了114-6日,這是咱生信家的劍宗,也就是華大基因每年一度的“國際基因組學大會”,16年是第11屆。4號下午我有個報告,所以咱上午就早早趕到會場,踩場、熱身、拉拉聲帶,估一下溫度、濕度、背景噪音,再看看會場外的風向、植株、霧霾情況,掏個羅盤出來測一下風水,這就可以收工進去跟好友打招呼去了。中午吃飯的時候正好遇到郝先生夫婦,于是很愉快的聊了很久。聊的內容不外乎是聽郝先生繼續講段子,其中就講到了徐京華先生。2017512日下午,當年“星謀為雙翼,郝帥居中間”的鄭偉謀先生來訪,就講到“理論生命科學的三狗”,這是因為徐先生1922年出生,郝先生1934年出生,鄭先生1946年出生,三位老先生都屬狗,所以一時成為佳話。再后來就講到文革時批判愛因斯坦的問題。其中有一個段子是,開會有年輕人發言說,根據相對論,珍寶島事件中誰先開槍,只要換一個參考系就可能顛倒過來。郝先生在書里跟了一句評論:他忘記了羅倫茲變換保持因果性不變這一原理(參見《“批判愛因斯坦”追憶》)。這個笑話實在太冷了,沒有讀過狹義相對論的應該是笑不起來的。另一個段子是郝先生的忘年交和晚輩劉韌老師講的,說是上次在西藏,問郝先生,您這名字看,是不是跟臺灣的郝柏村有什么關系?先生一臉高冷地說,我這是樹林,他只是個村,我比他大得多。

4號下午作報告的時候,劍宗的精神領袖楊院士也在,會場結束后,楊院士建議氣宗明年可以專門設一個生信分會場,并說已經和郝先生商量過,郝先生主持,讓我給打個下手。我聽了楊院士的建議,就滿會場找郝先生,希望能征求怹的意見,看這個分會場該怎么組織,可惜天色已晚郝先生夫婦已經回去休息了,第二天我有其他事情離開深圳,后來因為比較忙所以組織分會場這件事情也就忘于腦后了。到17年上半年,楊院士來華科講課,又提到辦分會場的事情。那時候郝先生已經基本不出門參加活動了,所以我琢磨來琢磨去,后來翻書發現“郝-李轉換”發生于97年,于是這個分會場就以紀念“郝-李轉換”20周年為名義,邀請了臺灣和大陸各7位生信同行,包括李先生,在171028日下午開了個兩岸論劍的分會場。

201837日晚上20:05,有好友發來消息,說郝先生當天下午四點半去世了。大約兩個半小時之后,中科院理論物理所發訃告深切緬懷郝先生,次日復旦大學發訃告沉痛悼念郝先生。郝先生地位崇高,人生經歷極其豐富,高中畢業后留蘇因為轉專業所以被批斗,畢業回國之后從事高分子半導體研究,1961年去莫斯科大學物理系讀研究生并且通過了朗道的“最低標準”,文革期間因批判愛因斯坦的事情硬懟陳伯達、領導天線小型化的理論計算工作、研究相變、計算機科學和三維伊辛模型等。和清華大學雷錦志副研究員討論時,雷兄認為,郝先生這一代人普遍經歷豐富,這是因為當年國家非常缺乏各類人才,所以哪里需要就在哪里上,做過的貢獻非常多,這跟我們現在只在一個方向上一條路走到黑的經歷是不一樣的,現在的人在一條路上走順了,不愿意改變方向,而郝先生這一代人不一樣,敢于接受各種挑戰;旧蟻碚f,郝先生大約每20年一個方向,60-80年代主要是統計物理,80-90年代末主要是非線性動力學,97年至今主要是生物信息學。郝先生和劉寄星先生主編的《理論物理與生命科學》一書(上?茖W技術出版社,1997年),吹響了早期生物信息學萌芽正式轉向生物信息學的號角,郝先生2000年出版的《生物信息學手冊》(上?茖W技術出版社,2002年第二版),是當年為數極少的生信教材和參考書之一,也是許多年輕學子的入門讀物。郝先生以CVTree為代表性的工作達到Level 2,在老一輩生信學者中做到頂級,與李先生發起“海峽兩岸生物學啟發的理論問題研討會”,對兩岸生信發展都有極為深遠的影響。郝先生的科學思想和勇于探索的精神至少影響和激勵了幾乎整個75-85年齡段的年輕一代華人生物信息學者。郝先生是著名生物信息學家、中國生物信息學領域的開拓者和奠基人之一,郝先生的離世是中國生物信息學領域不可估量的損失。

縱觀郝先生的生平,怹始終本著“順乎歷史潮流,堅持個人奮斗”的信念,負戟吟嘯,挑燈看劍,正所謂:俠之大者。

 

注:本篇內容不完全是作者思考所得!皞b之大者”的評價,語出北京基因組所張治華研究員的紀念文章;k-mer算法與郝先生弟子、復旦大學戚繼教授討論過。另外,還感謝中科院北京生命科學研究院趙方慶研究員和基因組所章張研究員的討論。



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