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轉錄因子富集分析

已有 1739 次閱讀 2018-11-13 22:23 |系統分類:科研筆記| 小麥, 富集分析, 轉錄因子

轉錄因子富集分析

轉錄因子因子富集分析背后的原理與GO,KEGG等富集分析是一樣的。

這里還是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。

首先我們要知道哪些基因是轉錄因子,并且屬于哪一個轉錄因子家族。這個信息可以在這里下載(https://pan.baidu.com/s/12Zi-FvySMuaWyM2b9_2yuA)。這個文件中只需要兩列,一列是轉錄因子家族的名字,一列是基因的名字。根據這個文件,整理出共有多少個轉錄因子家族,并給每個轉錄因子家族一個唯一的編號。將編號和名字存入一個新文件。

上面是所有轉錄因子,首先要篩選出在我們樣品中表達的轉錄因子。

其次需要確認差異表達的轉錄因子。

最后需要一個轉錄因子編號和名字的對應文件。

樣品中表達的轉錄因子,輸入格式如下:共兩列,第一列是轉錄因子家族編號,第二列是基因ID。其中編號是根據剛剛下載的文件整理而來。即一個基因家族有唯一一個編號。

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差異表達的轉錄因子,輸入格式如下:只有一列,基因的ID

image-20181113214653231image-20181113214653231

還需要是一個轉錄因子ID和名字的對應文件,輸入格式如下:

image-20181113214844642

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